Le monde connaît une avancée extraordinaire grâce aux découvertes de nombreux chercheurs et scientifiques. Parmi eux, un certain Walter Bishop avec son collègue William Bell a pu découvrir de nombreux phénomènes jusqu’ici inexpliqués. Pour tenter de les résoudre, ils ont fait des expériences sur de nombreuses personnes et ont trouvé la solution. Ils ont découvert qu’ils existaient un autre monde parallèle au nôtre. Pour se défendre contre eux, ils ont utilisé le cortexiphan afin d’accroître le cerveau des êtres humains et d’évoluer.
Seulement, lorsque son fils Peter a contracté une maladie rare, Walter est devenu comme désespéré et tous les moyens étaient bons pour guérir son fils Peter y compris de regarder au travers d’une fenêtre les avancées de son alter-ego. En perdant son fils, Walter est perdu et voyant que son alter-ego n’agissait pas pour sauver le sien, il décide de traverser pour le sauver. Cette traversée va provoquer un bouleversement sans précédent.
Aujourd’hui les phénomènes inexpliqués pour la majorité des hommes deviennent de plus en plus fréquents. Au sein du FBI se constitue une équipe afin de trouver des solutions et d’enrayer le phénomène. Seulement, ce qu’ils vont découvrir c’est que l’origine provient de l’univers parallèle où Walter s’est rendu pour récupérer Peter. Les personnes guidées par l’alter-ego de Walter veulent détruire notre monde. Guidé par Olivia Dunham et l’agence du FBI, ils doivent affronter l’équipe des forces spéciales de l’univers parallèle en même temps que toute une population guidé par un gouvernement corrompu. De plus, à l’intérieur de notre monde, l’équipe du FBI doit essayer d’arrêter les personnes ne contrôlant plus leurs dons ou qui peuvent blesser les autres. Le FBI pense que seule Olivia a réussi à passer le test du produit. Des personnes ont pu également développer des capacités sans que le gouvernement le sache. Ils peuvent être notre seul espoir afin de préserver notre univers.
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